按照“高效便捷、区内自由、卡口管理”的设计理念，天津海关制定了东疆保税港区海关监管模式创新方案。即通关集约化——对保税港区进出货物实施各项便捷通关措施；管理信息化——依托电子信息平台，实现海关与企业及相关管理部门信息共享，实现联网管理；区内便利化——区内货物可以自由流转，免予缴纳关税及其他税费；作业无纸化——海关对保税港区与境外之间进出的货物监管最大限度取消纸质单据，实现电子管理；卡口智能化——通过集装箱箱号自动识别系统、车辆自动识别系统等实现对进出卡口货物的自动验放。单票货物通过卡口的时间最快可在十几秒钟内完成。
天津东疆保税港区是集港口、保税区、出口加工区、保税物流园区等优势于一体，享受国家经济贸易优惠政策的海关特殊监管区域。保税港区与传统海关特殊监管区域相比，增加了港口作业功能，实现了真正意义上的区港联动，保税港区还整合了保税区、保税物流园区、出口加工区等海关特殊监管区域的各种功能和享受税收、监管、外汇等各项优惠政策。包括国外货物入港区保税；国内货物入港区视同出口，实行退税；港区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税等等，是目前我国内地对外开放层次最高、政策最优惠、功能最齐全、区位优势最明显的特殊功能区。
国务院批复明确指出，东疆保税港区在享受和上海洋山保税港区同样的优惠政策基础之上，可根据全国综合配套改革试验区建设的相关要求在机制、体制创新等方面先行试验一些重大的改革开放措施。天津海关将按照国务院批复要求，积极探索特殊监管区域管理制度创新，以点带面，推进海关特殊监管区域整合和政策叠加工作。根据东疆港区的功能定位，针对不同区域的货物采取卡口分道、货物分流、区域分设、程序分列的“四分”管理方法，实行“一线放开、二线管住、区内自由、入区退税”的封闭化、信息化、集约化的监管模式，即采取全域封闭化管理，由海关依法对进出保税港区的货物、物品、运输工具和保税港区内的相关场所实行全面监管。
天津海关表示，将认真贯彻落实十七大精神，按照海关总署党组的部署要求，积极贯彻天津市委九届二次全会要求，大力支持促进东疆保税港区发展国际中转、国际配送、国际采购、国际转口贸易和出口加工，并以东疆保税港区为重点全力推进海关特殊监管区域功能整合和政策叠加改革，积极推进保税加工监管改革，争取到2010年，在天津地区初步建立起全国政策最配套、功能最完备、监管最科学的海关加工贸易和保税监管制度，为滨海新区开发开放贡献力量。
东疆保税港区即将封关运作，对提升天津港的国际竞争力，增强天津港对东北亚地区大型集装箱船舶和国际中转集装箱的吸引力，使得天津作为北方国际航运中心和国际物流中心的建设取得了突破性进展。同时对于滨海新区成为中国北方对外开放的门户、高水平的现代制造业和研发转化基地、北方国际航运中心和国际物流中心战略目标具有十分重要的意义。与此同时，东疆保税港作为沟通国际国内两个市场的重要桥梁，为国内企业参与国际市场竞争架起便捷的通道，对于推动环渤海地区、中西部广大腹地的进出口贸易、转口贸易、出口加工业等的发展将发挥巨大作用。南开大学城市与区域经济研究所副所长吴浙副教授对记者说：“保税港区不仅可以吸引国外船舶到此中转，促进第三方物流带动贸易性企业发展，而且为国内外的企业提供了一个低成本的中转加工制造基地。在产品加工分包的过程中，也为我国产品及劳务输出提供了一个良好的平台，对于推动当地和带动腹地经济发展将会发挥助推器作用。”
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保税港区是指经国务院批准，设立在国家对外开放的口岸港区和与之相连的特定区域内，具有口岸、保税物流、保税加工等功能的海关特殊监管区域。保税港区享受保税区、出口加工区相关的税收和外汇管理政策。主要税收政策为：国外货物入港区保税；货物出港区进入国内销售按货物进口的有关规定办理报关手续，并按货物实际状态征税；国内货物入港区视同出口，实行退税；港区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税。继上海洋山保税港区后，2006年8月31日，国务院正式批准设立天津东疆保税港，成为国家批准设立的第二个保税港区，也是目前我国面积最大的保税港区。东疆港区位于天津港东北部，为浅海滩涂人工造陆形成的三面环海半岛式港区，南北长 10 公里，东西宽 3 公里，面积 30 平方公里。规划分为码头作业区、物流加工区、综合配套服务及预留发展区三大区域。其中前两个区域部分面积经国务院批准设立为保税港区，规划面积为10平方公里，预计到２０１０年将全面建成。
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